در سال 1355 در جوار بندر خرمشهر دانشكده اي به نام دانشكده علوم دريايي و با هدف تبديل آن به قطب علمي دريايي كشور و منطقه ، پايه گذاري شد اما اين مركز نوپا اندكي بعد و با شروع جنگ تحميلي تعطيل گرديد در سال 1372 اين دانشكده مجدداً حيات علمي خود را با پذيرش تعداد 10 نفر دانشجو در مقطع كارشناسي ارشد و در دو رشته فيزيك دريا و بيولوژي ماهيان دريا در دانشگاه شهيد چمران اهواز از سر گرفت و در سال 1377 و با شروع بازسازي شهرهاي آبادان و خرمشهر به اين شهر منتقل شد و فعاليت خود را با پذيرش دانشجو در رشته هاي زيست دريا ، محيط زيست و شيلات در مقطع كارشناسي گسترش داد و پس از فعاليت ها و تلاشهاي شبانه روزي اين دانشگاه با توجه به مصوبه 7/ 6 /80 دولت در خصوص باز سازي شهرهاي آبادان و خرمشهروتوسعه اين دانشگاه ،  از سال 1382 با استقلال از دانشگاه شهيد چمران اهواز با نام دانشگاه علوم و فنون دريايي خرمشهر جهت دستيابي به هدف تبديل شدن به قطب علمي علوم دريايي در منطقه با توجه به موقعيت مناسب و بهره گيري از امتيازاتي مانند دستيابي آسان به آبهاي آزاد و دو رودخانه اروند و بهمنشير و مجاورت با تالابهاي مهمي مانند تالاب شادگان و هورهويزه ، واقع شدن در منطقه آزاد اروند و با داشتن كادري توانا و مجرب فعاليت دو چنداني را آغاز نموده است .با توجه به اين‌که دانشگاه در درون منطقه آزاد اروند قرار دارد مجوز واحد بين المللي دانشگاه نيز اخذ و از سال آينده پذيرش دانشجو در اين واحد علي خواهد گرديد.

آموزش دانشگاه:

در حال حاضر كليه فعاليتهاي آموزشي دانشگاه در دو ساختمان مربوط به دانشكده علوم دريايي و اقيانوسي و دانشكده اقتصاد و مديريت دريا متمركز بوده و  تمام آزمايشگاهها به دستگاهها و امكانات و تجهيزات آزمايشگاهي مناسب و استاندارد مجهز وحتي تعدادي از اين دستگاهها در نوع خود در كشور كم نظير هستند.

چهار دانشكده دانشگاه:

-       دانشكده مهندسي دريا

-      دانشکده علوم دريايي و اقيانوسي

-      دانشکده مهندسي منابع طبيعي دريا

-      دانشکده اقتصاد و مديريت دريا

دانشكده مهندسي دريا :

مهندسي دريا يکي از رشته‌ها و تخصص‌هاي حايز اهميت براي کشور محسوب مي‌شود. اهميت حمل و نقل ناوگان دريايي کشور، نياز به بهره‌برداري از منابع نفت و گاز در خليج فارس، تهديدات موجود در خليج فارس و درياي خزر همه از دلايلي هستند که وجود رشته‌ها و تخصص‌هاي دريايي را در دانشگاه ها الزامي مي‌سازد. طبق پيش‌بيني‌ها در برنامه پنج ساله چهارم توسعه، کشور به سه هزار نفر نيروي دريانورد نيازمند است. گذشته از آن با شکوفايي صنعتي، در ديگر بخشهاي مهندسي دريايي نيز نياز به تربيت مهندسين مجرب در بخشهاي ساخت و تعميرات سکو و کشتي مي‌باشد. رشته هاي اين دانشكده جزء گروه فني و مهندسي مي باشد.

بر همين اساس دانشگاه علوم و فنون دريايي خرمشهر با عزمِ تبديل شدن به قطب دريايي کشور، اقدام به تاسيس دانشکده مهندسي دريا نموده و رشته های زیر در آن راه اندازی شده اند:

مهندسي معماري - کشتي سازي (کارشناسی)

مهندسی الکترونیک و مخابرات دریایی (کارشناسی)

مهندسی عمران - سازه های دریایی (کارشناسی ارشد)

مهندسی سواحل (کارشناسی ارشد)

مهندسی رودخانه (کارشناسی ارشد)

رشته های مصوب و در حال تصویب این دانشکده:

مهندسي کشتي -  موتور (کارشناسی) مصوب، کارشناسي ارشد برنامه ريزي حمل و نقل دريايي (در حال تصويب)-کارداني فني دريا – کارداني فني برق - کارداني فني مکانيک – موتورهاي دريايي

اين دانشکده با زيربناي 7000 مترمربع احداث شده است و داراي 16 کلاس درس، سالن اجتماعات، سالن مطالعه، فضاي اداري، آموزشي، آزمایشگاهی و خدماتي است.

دانشكده علوم دريايي و اقيانوسي:

اين دانشكده اولين دانشكده اي بوده است كه با شروع فعاليت مجدد دانشگاه راه اندازي گرديد. ابتدا با نام دانشكده علوم دريايي و به عنوان يكي از دانشكده هاي زير مجموعه دانشگاه شهيد چمران اهواز و در مجتمع شهر دانشگاهي اهواز در محل كنوني دبيرستان دانشگاه در سال 1372 و با پذيرش تعداد 10 نفر دانشجو در دو رشته بيولوژي ماهيان دريا و فيزيك دريا در مقطع كارشناسي ارشد فعاليت خود را آغاز و در سال 1377 در رشته زيست دريا در مقطع كارشناسي اقدام به پذيرش دانشجو نمود.در سال 1377 از اهواز به خرمشهر منتقل شده و به عنوان شاخه جنوبي دانشگاه شهيد چمران در محل كنوني دانشگاه به فعاليت خود ادامه داد .

در سال 1378 دو رشته شيلات و محيط زيست در مقطع كارشناسي به رشته هاي اين دانشكده افزوده شد . كه در سال 1382 و با استقلال دانشگاه و تأسيس دانشكده منابع طبيعي دريا به آن دانشكده منتقل گرديدند .

در سال 1382 براي اولين بار در كشور، رشته زيست دريا ـ جانوران دريا در مقطع دكتري با پذيرش 6 نفر دانشجو در اين دانشكده راه اندازي شد.

در سال 84 با تصويب شوراي گسترش آموزش عالي رشته زيست دريا ـ جانوران دريا جايگزين بيولوژي ماهيان دريا شد که در سال 85 دو گرايش جديد زيست دريا به نام آلودگي دريا و بوم شناسي دريا نيز براي اولين بار در كشور در اين دانشگاه پايه گذاري و به رشته‌هاي قبل افزوده شد. هم اكنون رشته هاي اين دانشكده كه جزء علوم پايه هستند به قرار زير است:

1-كارشناسي:

• · زيست دريا

2-كارشناسي ارشد:

• · زيست دريا (گرايشهاي جانوران دريا ،آلودگي دريا ، بوم شناسي دريا)- زيست شناسي جانوري گرايش بافت شناسي آبزيان - فيزيك دريا- رشته هاي در دست اقدام شيمي دريا ،بيوتكنولوژي دريا

3-دكتري:

• · زيست دريا گرايش  جانوران دريا - فيزيك دريا(پذيرش دانشجو از مهرماه 87)

دانشكده منابع طبيعي دريا :

پايه گذاري اين دانشكده در سال1378 و با جذب دانشجو در دو رشته مهندسي منابع طبيعي – شيلات و مهندسي منابع طبيعي- محيط زيست، در مقطع كارشناسي در دانشكده علوم دريايي صورت گرفت .در سال 82 13و پس از استقلال دانشگاه، دانشكده منابع طبيعي دريا نيز به عنوان يك دانشكده مستقل با دو گروه شيلات و محيط زيست. در شروع به كار كرد. گروه شيلات در مقطع كارشناسي ، از سال 1385 در دو گرايش تكثير و پرورش آبزيان و بوم شناسي آبزيان و در دو دوره روزانه و شبانه اقدام به جذب دانشجو نموده است . مقطع كارشناسي ارشد رشته شيلات نيز از سال 1383 راه اندازي شده و از سال 1385 نيز عنوان اين رشته در مقطع كارشناسي ارشد به تكثير و پرورش آبزيان تغييرنام يافته است . رشته هاي اين دانشكده جزء گروه كشاورزي مي باشد.

آمار دانشجويان شاغل به تحصيل در اين دانشكده به قرار زير است:

1-كارشناسي:

2-كارشناسي ارشد :

گروه شيلات

رشته هاي اين گروه عبارتند از:

1-كارشناسي:

• · مهندسي منابع طبيعي ـ شيلات-مهندسي منابع طبيعي ـ شيلات (گرايش هاي تكثير و پرورش آبزيان،گرايش بوم شناسي آبزيان)

2-كارشناسي ارشد:

• · شيلات ـ تكثير و پرورش آبزيان

راه اندازي دوره دكتري رشته جديد تكثير و پرورش آبزيان دريايي :

با توجه به استعداد نواحي جنوبي ايران بويژه استان خوزستان جهت تكثير و پرورش آبزيان دريايي ، برنامه درسي رشته جديدي با عنوان تكثير و پرورش آبزيان دريايي ( Mariculture ) در مقطع دكتري طراحي گرديد . در حال حاضر تصويب رشته مذكور مراحل تصويب خود در دفتر گسترش آموزش عالي را طي مي نمايد .

گروه محيط زيست

گروه محيط زيست در دانشكده منابع طبيعي دريا بوده و داراي يك مقطع كارشناسي مي باشد.

همچنين اين گروه درصدد راه اندازي رشته هاي زير در مقطع كارشناسي ارشد مي باشد.

• · محيط زيست (در دست اقدام)- زمين شناسي دريا (در دست اقدام)

دانشکده اقتصاد و مدیریت دریا :

دانشکده اقتصاد و علوم اجتماعی دانشگاه جندی شاپور یکی  از دو دانشکده شاخه جنوبی در سال 1355 اولین واحد آموزش عالی بود که در شهر خرمشهر آغاز به کار نمود. در جریان جنگ تحمیلی 100% هر دو دانشکده مذکور تخریب و به اهواز منتقل گردید. این دانشکده قبل از جنگ تحمیلی دو دوره دانشجوی کارشناسی رشته مدیریت و یک دوره کاردانی را پذیرش نمود. ساختمان دانشکده در سال 1382  بپایان رسید و در حال حاضر ساختمان مرکزی دانشگاه در آن قرار دارد. مجوز تشکیلات و آموزشی دانشکده در سال 1386 از وزارت علوم (اداره تشکیلات و شورای گسترش) اخذ نمود و در سال 1386 برای دومین بار بعد از 30 سال با دو رشته علوم اقتصادی (گرایش اقتصاد حمل و نقل) و مدیریت و بازرگانی دریایی با سه گرایش  بندر و کشتیرانی، گمرک و مناطق ویژه اقتصادی با 120 نفر دانشجو آغاز به کار نمود. رشته هاي اين دانشكده جزء گروه علوم انساني مي باشد.

1-  گروه علوم اقتصادی و بیمه دریایی

در حال حاضر این گروه با رشته علوم اقتصادی-گرایش اقتصاد حمل و نقل در مقطع کارشناسی فعالیت خود را آغاز کرده و برنامه آتی این گروه راه اندازی رشته حقوق و بیمه دریایی در مقطع کارشناسی ارشد می باشد.

2-گروه مدیریت و بازرگانی دریایی

در سال 1378 سرفصل رشته مدیریت و بازرگانی دریایی با سه گرایش بندر و کشتیرانی، گمرک و مناطق ویژه اقتصادی در شورای عالی برنامه ریزی وزارت علوم و تحقیقات و فن آوری به تصویب رسید و برای اجرا به دانشگاههای کشور ابلاغ گردید. دانشگاه علوم و فنون دریایی خرمشهر با توجه به مجاورت گمرکات بنادر بازرگانی خرمشهر، آبادان و بندر امام و ترمینال نفتی ماهشهر و همچنین منطقه آزاد اروند و مناطق ویژه رازی در بندر امام  در مهر ماه 1386 فعالیت خود را در هر سه گرایش این رشته را آغاز کرده است. برنامه های آتی این گروه راه اندازی دو رشته مدیریت بنادر و کشتیرانی و بازرسی کالا در مقطع کارشناسی ارشد می باشد.

3-  گروه حمل و نقل دریایی

دانشکده اقتصاد و مدیریت دریا در بخش تحصیلات تکمیلی نیز اقدام به تهیه سرفصلهای رشته حمل و نقل منطقه ای در مقطع کارشناسی ارشد نموده که با برنامه ریزیهای بعمل آمده این رشته با 12 دانشجو در سال 1388 کار خود را آغاز می نماید. برنامه های آتی تحصیلات تکمیلی این گروه شامل دوره دکتری حمل و نقل منطقه ای با گرایش های ترانزیت، حمل و نقل و توسعه اقتصادی و برنامه ریزی حمل و نقل دریایی خواهد بود.